1. กรณีคำขอในต่างประเทศมีคำสั่งแก้ไข ผู้ขอจดทะเบียนจะต้องทำการตั้งตัวแทนให้ดำเนินการซึ่งโอกาสที่คำขอจะมีการแก้ไขมีมากกว่า 50 % เช่น การแก้ไขรายการสินค้า ดังนั้นการตั้งตัวแทนจะทำให้มีค่าใช้จ่ายเพิ่มเติม ซึ่งราคาโดยรวมสุดท้ายอาจจะมีราคาที่สูงกว่า ระบบเดิม

2. การเลือกรายการสินค้าทำได้ยาก เนื่องจากรายการสินค้าไทยจะต้องถูกแปลเป็นภาษาอังกฤษ หากการแปลไม่สามารถ match กันได้ กับรายการของประเทศสมาชิก รายการสินค้านั้นจะไม่สามารถใช้ได้และต้องถูกตัดออก

3. หากคำขอพื้นฐานในประเทศไทยไม่ผ่าน คำขอในประเทศสมาชิกไม่ผ่านด้วย การคัดค้านคำขอในประเทศไทยจะทำให้คำขอในประเทศสมาชิกหยุดชะงักไปด้วย

4. มีค่าธรรมเนียมแรกเข้า basic fee ซึ่งต้องทำการจดทะเบียนหลายๆ ประเทศถึงจะคุ้มค่าเมื่อเทียบกับระบบเดิม